现在，鼠在生物分类学中属于： 真核域 Eukaryota 动物界 Animalia 脊索动物门 Chordata 哺乳纲 Mammalia 兽亚纲 Theria 真兽下纲 Eutheria 灵长总目 Euarchontoglires 啮齿动物 Glires 啮齿目 Rodentia 鼠形亚目 Myomorpha (Brandt, 1855) 其下可分为： 鼠总科 Muroidea 刺睡鼠科 Platacanthomyidae - 地位未定 鼹形鼠科 Spalacidae 鼢鼠亚科 Myospalacinae 竹鼠亚科 Rhizomyinae 鼹形鼠亚科 Spalacinae 真鼠分支 Eumuroida 暮鼠科 Calomyscidae 暮鼠亚科 Calomyscinae 马岛鼠科 Nesomyidae 非洲巨鼠亚科 Cricetomyinae 非洲攀鼠亚科 Dendromurinae 马岛白尾鼠亚科 Mystromyinae 马岛鼠亚科Nesomyinae 岩攀鼠亚科 Petromyscinae 仓鼠科 Cricetidae 田鼠亚科 Arvicolinae 仓鼠亚科 Cricetinae 林鼠亚科 Neotominae 棉鼠亚科 Sigmodontinae 美洲攀缘鼠亚科 Tylomyinae 鼠科Muridae 刚果攀鼠亚科 Deomyinae 沙鼠亚科 Gerbillinae 溜攀鼠亚科 Leimacomyinae 冠鼠亚科 Lophiomyinae 鼠亚科 Murinae - 跳鼠总科 Dipodoidea 五趾跳鼠亚科 (Allactaginae) 五趾跳鼠属(Allactaga) 沙漠跳鼠属(Allactodipus) 肥尾跳鼠属(Pygeretmus) 心颅跳鼠亚科 (Cardiocraniinae) 心颅跳鼠属(Cardiocranius) 三趾心颅跳鼠属(Salpingotus) 跳鼠亚科 (Dipodinae) 三趾跳鼠属(Dipus) 荒漠跳鼠属(Eremodipus) 非洲跳鼠属(Jaculus) 羽尾跳鼠属(Stylodipus) 长耳跳鼠亚科 (Euchoreutinae) 长耳跳鼠属(Euchoreutes) 梳趾跳鼠亚科 (Paradipodinae) 梳趾跳鼠属(Paradipus) 长尾跳鼠亚科 (Sicistinae) 长尾蹶鼠属(Sicista) 林跳鼠亚科 (Zapodinae) 林跳鼠属(Eozapus) 缘木林跳鼠属(Napaeozapus) 美洲林跳鼠属(Zapus) (由于种数量巨大，无法列举，如有需要，可详细参考生物分类相关的专业书籍)
