帮边牧清理耳朵时，要先观察它的耳朵有没有臭味、流脓或是红肿的 情形，如果有的话要赶快给兽医师治疗，因为有可能已经发炎或是耳疥虫、霉菌感染了。
排除上述的状况后，先剪去朝向耳道内的长毛，如果这些毛被忽视并长得太长就会使耳垢堆积，阻断空气流通，最终引起传染病。一定要在结实的修剪桌和良好的光线下完成这个工作。把边牧坐放在桌子上，必要的话让人帮助保定。
因为边牧耳道很深，呈“L，，形，在剪去多余毛发时最好抓住耳廓向后拉或平放在头上。用拇指和食指，或者如果你有经验的话，用尖嘴镊子小心地从耳道中拉出 多余毛发。如果毛发不容易抓牢，洒点耳粉在耳道口帮助夹毛。不要故意将耳粉倒入耳朵里，这样做只会堵塞耳道，影响空气循环。最好将耳粉装在小容器中，在每次镊耳朵的毛发时用手指蘸一点。
如果棉球上沾有大量耳垢，而且耳朵有恶臭味，你必须用护肤液清洗耳道。这时候不要将耳廓向后拉或平放在头上，因为这样护耳液可能到达耳道的水平部位。抓住耳根部软骨后，向外拉离头部，让液体充分接触整个耳朵洗干净。向耳道内滴几滴护耳液或矿物油。
将耳廓向下拉，并把手放在头部使其不颤抖，用另一只手按摩耳根部将耳内的护肤矿物油倒出来，同时使耳内的块状污垢也流出来。
按摩一段时间后，松开手，边牧会摇摆头部。不要慌张，这是边牧保护耳管脆弱部分的本能，并能使深处耳垢浮到表面来
一旦耳垢出来了，用棉球或药签将耳部擦干净，没有必要插入耳朵深处去清除耳垢。如果边牧的耳朵又大又厚，可以用橡胶带把耳廓系在脑后几分钟让其完全晾干 (不要将耳廓本身缠住，只需系住耳廓下方的毛发即可)。
另外，边牧耳朵里的毛较长，耳垢容易附着在毛上，饲主可以用止血钳将杂毛及耳垢一并拔除。
