狗近亲繁殖有一定概率导致畸形，但不是绝对畸形。狗狗近亲繁殖，很多时候被用来保持狗狗血统的单纯性上，将原有品质单纯的血统延续下去。连续数代的近亲繁殖可能会导致生殖障碍、生命力缺陷以及四肢方面的问题。
在延续血统的情况下，狗狗近亲繁殖将好的基因遗传下去，同时坏的基因，甚至基因缺陷也一并遗传下去。这就导致很多纯种狗很有先天的基因缺陷，带来的病痛风险率高，甚至那是他们无法活得比较久的致命点，承担的风险会较为高一点。 例如众所周知的德国牧羊犬就是近亲繁殖的产物，德国牧羊犬的髋关节异常是一种发病率较高的遗传疾病。所以德国牧羊犬协会为了尽力避免由遗传疾病带来的缺点，规定了三代以内禁止近亲繁殖。

如果想通过近亲繁殖选择好的血统，必须先有优秀的良好基因的纯种交配的狗狗，不然一切就会功亏一篑。而犬只的祖上血统是否纯正，是否存在着缺陷，哪怕只是很小的缺陷，所制定繁殖计划中的种公种母的外在显性部分的优缺点，骨架构造上的平衡，动作协调性等，都成了必须考虑的因素。否则很难找到接近完美的血统，将其传承下去。